Desa Protomulyo merupakan Desa yang terletak di Kecamatan Kaliwungu Selatan, Kabupaten Kendal, Jawa Tengah.

Pada zaman dahulu, desa yang merupakan ciikal bakal berdirinya Kabupaten Kendal ini merupakan salah satu daerah kekuasaan kerajaan Mataram yang dipimpin oleh Sultan Agung. Desa ini merupakan kekuasaan Mataram III, di mana pusat Mataram I berada di Solo sedangkan pusat Mataram II adalah Yogyakarta.

Desa Protomulyo merupakan desa religi. Mengingat banyak tokoh dan ulama besar yang datang dan tinggal di desa yang cukup padat penduduknya ini. Pendatang pertama di Protomulyo adalah Ki Tongklang. Beliau merupakan prajurit Majapahit yang hengkang dari kerajaan karena masalah politik yang terjadi pada waktu itu. beliau datang pada tahun 1474 M daan memutuskan untuk menetap di Protomulyo. Pada tahun 1513 M datang lagi seorang alim yang bernama Kanjeng Adipati Nitinegoro. Beliau adalah senopati dari Mataram yang ahli tentang masalah pemerintahan.

Selain itu, tokoh besar lain yang datang dan menetap di Protomulyo adalah Ki Ageng Lempuyang. Tokoh yang lebih dikenal sebagai Kanjeng Panembahan Pangeran Djuminah ini datang ke Protomulyo pada tahun 1621 M. beliau juga merupakan senopati dari kerajaan Mataram. Beliaulah yang mengawali terbentuknya padepokan-padepokan di Kaliwungu. Pendirian padepokan ini diawali dengan upacara Bubak Yoso Proto yang diadakan di pegunungan Pacraban Desa Protomulyo pada tahun 1626 M. dalam mendirikan padepokan ini, Kanjeng Panembahan Pangeran Djuminah dibantu oleh Raden Kanjeng Haryo Singo Diharjo (Kyai Kaum) yang juga merupakan seorang senopati dari Mataram.

Nama Protomulyo sendiri berasal dari dua kata, yaitu Proto dan Mulyo. Proto berasal dari kata Kaprawatan yang berasal dari kata Prawoto sedangkan Mulyo berarti mulia. Nama Protomulyo sebelumnya adalah Proto Wetan dan Proto Kulon. Akan tetapi, pada tahun 1962 M, nama itu diubah menjadi Protomulyo.